Năm 2008 Indeco đã đầu tư xây dựng nhà máy xử lý nước thải tập trung công suất 5.000 m³/ngày.đêm, tiếp nhận nước thải của các xí nghiệp đã qua xử lý cục bộ và tiếp tục xử lý tập trung đạt cột A theo quy chuẩn hiện hành trước khi xả ra môi trường.

Đến nay diện tích đất khu công nghiệp cho thuê đã phủ kín toàn khu. Để đảm bảo xử lý toàn bộ nước thải phát sinh của các xí nghiệp đã hoạt động, đang mở rộng quy mô đầu tư, các xí nghiệp đã thuê đất chuẩn bị đầu tư xây dựng, INDECO đã triển khai dự án nhà máy xử lý nước thải tập trung KCN Trảng Bàng giai đoạn 2 công suất 2.500 m³/ngày.đêm, nâng tổng công suất lên 7.500 m³/ngày.đêm, đã đưa vào vận hành trong tháng 5 năm 2016.